La depresión es un sentimiento de desesperanza. Es la manifestación pasiva de la agresividad no expresada hacia uno mismo. La depresión es la respuesta a una pérdida, real o imaginaria, de territorio, que es todo aquello que nos da sentido y pertenencia, como nuestro trabajo, familia, relaciones, sentimientos, pensamientos, etc. Por está razón, la depresión es muy común en la adolescencia, porque los cambios de la niñez a la adolescencia, tanto corporales como culturales, son muy significativos. Esta pérdida de territorio nos lleva a una desvalorización en la que lo que creíamos o lo que queríamos y lo que tenemos frente a nosotros son cosas muy distintas. 

Biológicamente, la depresión es una falta de vitalidad que nos limita a vivir, por lo que entendemos esto como una respuesta de defensa ante la pérdida: si no hacemos nada, si no nos relacionamos, si no actuamos, nuestras posibilidades de volver a perder disminuyen y así también evitamos de nuevo la pérdida y, por ende, evitamos el sufrimiento. La depresión es como una protección, un método de defensa que nos quiere prevenir de las pérdidas aunque, paradójicamente, al no estar haciendo nada para no perder (estar en estado depresivo), no estamos viviendo y limitamos nuestra experiencia humana.  

Otro factor importante es la historia familiar. Habría que cuestionar, por ejemplo, si nuestra madre sufrió alguna pérdida durante el embarazo, cualquier tristeza o situación que le causó mucho dolor. O si algún doble dentro de nuestro clan sufrió alguna muerte o pérdida significativa que se quedó en nosotros e, inconscientemente, nuestro cerebro nos quiere prevenir de la pérdida al ocultarnos y limitar nuestras actividades; también puede ser que exista un sentido de injusticia, sentir que nuestra vida no vale más que la de algún doble que nació antes y murió. Es importante señalar que si el padre o la madre son depresivos, lo será también el o la hija en razón de ser solidario con sus antepasados o porque aprendió que así se vive. 

Desde la biodesprogramación, una persona puede sufrir de depresión cuando sufre dos conflictos al mismo tiempo. El primer conflicto involucra el hemisferio cerebral derecho, donde podemos encontrar:

• Miedo territorial: por ejemplo, sentimos que nuestra relación está a punto de terminar y no queremos. 
• Pérdida territorial: por ejemplo, nos despiden del trabajo.  
• Enojo territorial: por ejemplo, alguien está invadiendo mi hogar y está haciendo críticas. 

El otro conflicto involucra el hemisferio cerebral izquierdo, más relacionado con la manía, donde podemos encontrar:

• Conflicto de susto/miedo.
• Conflicto sexual.
• Conflicto de identidad.
• Conflicto de marcaje territorial femenino.

El que la persona se torne depresiva o maníaca se encuentra determinado por el sexo, la lateralidad y por el estado hormonal.