En el caso de la esquizofrenia podemos encontrar conflictos transgeneracionales, de territorio y conflictos de miedo.

La Nueva Medicina Germánica señala que en la esquizofrenia hay dos conflictos activos: primero hay un conflicto activo en un hemisferio cerebral y luego aparece un segundo conflicto que impacta en el lado opuesto. Podemos dar por ejemplo un caso de un joven en el que se afectó el hemisferio izquierdo por separación de madre y, posteriormente, se afecta el hemisferio derecho cuando también hay una separación del padre. El cerebro se encuentra en un estado de doble estrés, en el que ambas situaciones se vivieron de forma dramática.

Estos conflictos se vivieron de forma dramática o con mucho estrés. Algunos de los conflictos que podemos encontrar son:

• Conflictos territoriales. Cuando la persona se enfrentó a una situación muy fuerte y siente que de nuevo lo están atacando y hay intentos de defensa del territorio o hay miedo por sentir que se ataque de nuevo el territorio, podemos encontrar que se responde con síntomas de ataques de pánico o, por el contrario, se responde con ira y agresividad. Todo esto sin el “raciocinio” que la gente esperaría, pero dentro del individuo se está viviendo una situación límite que requiere de toda la energía del individuo para sobrevivir y protegerse. 

También puede ser que en esta defensa del territorio se escuchen voces, quizá de manera simbólica, pidiéndole al individuo que se aleje de ese estímulo que lo pone en peligro.  

• Conflictos sexuales. Rechazo sexual o frustración sexual.
• Conflictos de identidad. No saber a dónde pertenecer. 
• Conflictos de separación. Pérdida inesperada de contacto físico con el territorio.
• Conflictos motores. No ser capaz de escapar, sentirse atrapado.
• Conflictos de miedo frontales. Un miedo repentino de entrar en una situación peligrosa o de temer a algo que se acerca. También hay miedos o temores en los que la persona se siente atado, quizá siente que no puede o no podrá defender su territorio. Aquí se activa el estado ansioso. 
• Conflictos de miedo por la nuca. Es una sensación de que algo nos está acechando, generalmente relacionada a eventos que ya se vivieron y lo hicieron de forma muy dramática. En este miedo podemos encontrar cambios en la conducta, paranoia o manía persecutoria.

Es importante mencionar que en la esquizofrenia estos conflictos se vivieron en la vida de la persona, pero generalmente podemos encontrar conflictos programantes en el árbol transgeneracional. En el árbol hay situaciones muy complejas, como abusos, muertes, asesinatos, etc. La persona suele ser doble de un ancestro que vivió este tipo de situaciones. Por ejemplo, si la persona con esquizofrenia sufre delirio de persecución, encontramos que el ancestro sufrió de una situación muy fuerte en la que fue perseguido.